Doğu Türkistan'da 1863 yılında Kumlan ve Osmanlı İmparatorluğunu matbu tanıyan Atalık Gazi Devleti 1877 yılında Çin orduları tarafından ortadan kaldırdı. Doğu Türkistan'ı 17 yıl süre ile tam bir ortaçağ despotu gibi yöneten genel vali diktatör Yang 7 Temmuz 1928 yılında öldürüldü. Doğu Türkistan'daki Çin işgal sisteminde seneler süren karışıklıklar ve bunun sonucu olarak darbeler meydana geldi. Bu durumun ayaklanma ve işgalcileri ülkelerinden atmaları için iyi bir fırsat olduğu kanaatine varan Doğu Türkistan halkı, bütün bölgelerde işgalcilere karşı kutsal cihat ilan ederler. Ayaklanma ilk önce Çin sınırındaki Gaziyane Kumul şehrinde Salih Dorga ve tecrübeli bir sergerde olan Hoca Niyazi Hacı'nın liderliğinde 1931 yılının ilk baharında başlatıldı. Kısa sürede Kumul ve civarı işgalcilerden temizlendi.
6 Ocak 1933 tarihinde Turfan halkı Muhiti kardeşlerin liderliğinde şehirdeki Çin garnizonunu basarak şehri Çinlilerden kurtardılar. Turfan Milli Kuvvetleri General Mahmut Mahmutti Komutasında batıya doğru ilerleyerek Korla, Karaşehir ve Uşak şehirlerini de kurtarırlar. 28 Şubat günü güneydeki Hoten vilayeti halkı ünlü bir din adamı olan Muhammed Emin Buğra ve kardeşlerinin önderliğinde Hoten Milli Kuvvetleri Kargalık, Poskam, Yarkent şehirlerini Çinlilerden kurtararak Kaşgara doğru yönelirler. Doğudan ve güneyden Kaşgar'a doğru ilerleyen Milli Kuvvetler Kaşgar eski şehri Çinlilerden kurtaran Albay Timur Bey ile birleşirler.
Kaşgar tarihten beri Doğu Türkistan'ın medeniyet, ekonomi ve dini merkezi olarak kabul ediliyordu. Bütün siyasi güçleri kendi takdirlerinin bu şehirde tezahür edeceğine inanıyorlardı. Kendisi Buhara ve Kazan medreselerinde tahsil gören Sovyetler Birliği, Mısır, Suudi Arabistan ve Hindistan gibi ülkeleri gezerek tetkik eden, dünyadaki gelişmeleri tahlil ederek siyasi fikirleri ile Milli Kuvvetlere yön veren Kulca Kadısı Sabit Damolla Hoten ihtilalcıları ile birlikte idi. O binlerce şehidin kanı pahasına kazanılmış bu zaferi Türk'ün devlet kurma geleneğine uygun olarak bir milli devlet ilan etmek suretiyle taçlandırmak istiyordu. Sabit Damolla bütün milli liderleri bir araya getirerek Doğu Türkistan İslam Cumhuriyetini ilan etmeye karar verdiler.
Böylece hicri 135 yılı 7. ayın 4. gününe tekabül eden 12 Kasım 1933 günü Kaşgar'da Doğu Türkistan İslam Cumhuriyeti Kaşgar şehrinin Könci mahallesinde halkın ve milli askerlerin coşkulu gösterileri ve tekbir sesleri arasında Ayyıldızlı Gökbayrak göndere çekilerek ilan edildi. Bu merasimde Hükümet üyeleri ilan edilerek halka tanıtıldı. Anayasa ilan edildi ve devlet marşı okundu. Milli meclis kuruldu. Ünlü bir şair ve eğitimci olan Kutluk Şevki'nin sorumluluğunda Yeni Hayat adı ile resmi bir gazete çıkarıldı. Resmi gazetede hükümetin teşkili hükümet açıklaması ve milli marşı ilan edildi.
Milliyetçi Çin dahil olmak üzere, Doğu Türkistan'ın bütün dış alemle ilgisini kesen Rus kuvvetleri, Doğu Türkistan'ı fiilen işgal ve tahakkümü altına aldı. Süratle iktidara geçirdiği general Şin-Sı-Say vasıtasıyla Doğu Türkistan'da tedhiş rejimi kurarak, büyük bir temizlik ve sosyalizasyon hareketine girişti. Bu durum 1933-1934 senesinden 1943 senesine kadar fasılasız devam etti. İkinci dünya harbinde Hitlerin ordularının süratle ilerleyerek Moskova'nın yakınlarına kadar sokulduğu bir sırada o zamana kadar Rusların emellerine sadakatle hizmet etmiş bulunan Şin-Sı-Say zuhur eden bu fırsattan faydalanarak gizlice Mareşal Çang-Kay-Şek hükümetiyle anlaştı. Ve 1943'te Çin kuvvetleri Doğu Türkistan'a girdi. Milliyetçi Çin hükümeti General Şin-Si- Say'ı geri çekti, yerine merkezden General U-Cing-Şin'i umumi vali olarak Urümçi'ye gönderdi.
Hürriyet ve istiklal mücadelesinden yılmayan Doğu Türkistan Türkleri 1944 yılında İli bölgesinde Milliyetçi Çin kuvvetlerine karşı yeniden ayaklandı. Bu sırada Rus-Alman harbi de yavaşlamış, hatta Rusların lehine gelişmeye başlamıştı. Doğu Türkistan işlerine müdahaleye fırsat kollayan Ruslar başlangıçta İli bölgesi milliyetçilerine yardım ettiler. Böylelikle İli bölgesi havzasında merkezi Kulca olmak üzere, Tarbagatay ve Altay vilayetlerinden müteşekkil müstakil "Doğu Türkistan Cumhuriyet Devleti" kuruldu ve 1944 Ekiminde resmen ilan edildi. İkinci defa istiklaline kavuşan Doğu Türkistan Türklerinin kurduğu bu devlet kurucularını ve hükümetini de oluşturdu.
Sadece üç vilayete münhasır küçük bir devlet olmasına rağmen, Doğu Türkistan Cumhuriyeti'nin tek başına Milliyetçi Çin ordularıyla savaşarak bu orduları yenerek perişan etmesi, ayrıca Rus esaretindeki Türk ülkelerine ve özellikle Batı Türkistan'a karşı kötü emsal teşkil edebileceği kaygısı, Ruslarda korku ve kaygı yarattığından Rusya'nın ve Çin'in işbirliği sonucu oluşturdukları entrikalarıyla Doğu Türkistan Cumhuriyet ortadan kaldırıldı.
Tüm bu olumsuzluklar yaşanırken Türkiye dahil dünyanın hiçbir İslam ülkesin den zerre kadar bir yakınlık ve destek bulamayan Doğu Türkistan Devleti daha fazla ayakta kalamadı. Haktan, hukuktan, insanlıktan, demokrasiden, insan haklarından söz eden dünya devletleri aradan geçen yıllarda zulüm sürecinin sonunda dahi popülist söylemlerle tabir yerinde ise mangalda kül bırakmayan duruşları ile Doğu Türkistan'a olan mesafelerini korumaktadırlar.
Tam bağımsız bir Doğu Türkistan devleti yeniden kurulmadıkça, Batı Türkistan Türk Cumhuriyetlerinin mevcut bağımsızlıkları hiç bir zaman tehlike ve tehditlerden emin olamayacaktır.